Ιωνία 6ος αιώνας π.Χ.: Πρώτη επιστημονική επανάσταση
Ο Εμπεδοκλής (495-435 π.Χ., από τον Ακράγαντα, της Σικελίας) εισάγει για πρώτη φορά την έννοια του «στοιχείου». Πιστεύει ότι όλα τα υλικά σώματα προέρχονται από τον συνδυασμό τεσσάρων βασικών στοιχείων ή ριζωμάτων (γη, ύδωρ, πυρ και αήρ) που συνδέονται μεταξύ τους με σχέσεις «φιλότητας» (φιλία, έλξη, τάση προς συνένωση) ή σχέσεις «νείκους» (εχθρότητα, άπωση, τάση προς διάσπαση). Στα στοιχεία αυτά αποδίδονται κυκλικά οι ιδιότητες «υγρό», «θερμό», «ξηρό» και «ψυχρό» ως πρωτεύουσες ή δευτερεύουσες.
Η πρώτη ατομική θεωρία: Ο Λεύκιππος από τη Μίλητο τον 5ο αιώνα π.Χ. διατυπώνει την πρώτη ατομική θεωρία, την οποία βελτιώνει στη συνέχεια ο μαθητής του Δημόκριτος (460-370 π.Χ.) από τα Άβδηρα της Θράκης. Η ατομική θεωρία προβλέπει ότι:
Τα άτομα είναι τα μικρότερα σωματίδια της ύλης, τα οποία, όπως λέει και το όνομά τους, δεν τέμνονται, είναι άφθαρτα, αναλλοίωτα, πλήρη, δηλαδή χωρίς κενό, και κινούνται αδιάκοπα στον χώρο.
Υπάρχουν άπειρα είδη ατόμων σε συνεχή κίνηση και οποιαδήποτε μεταβολή της ύλης οφείλεται στον ανασυνδυασμό των ατόμων.
Ο πρωτοπόρος Δημόκριτος διατυπώνει και τη θεωρία της αφθαρσίας της ύλης λέγοντας:
«Μηδέν εκ του μη όντος γίγνεσθαι μηδέν το μη ον φθείρεσθαι», δηλαδή, τίποτε δεν δημιουργείται από το μηδέν και τίποτε δεν καταλήγει στο μηδέν.
Η θεωρία του Δημόκριτου για την ύλη έμεινε στο περιθώριο για 24 αιώνες, καθώς έπεσε στη δυσμένεια του Πλάτωνα (428-348 π.Χ.) και του Αριστοτέλη (384-322 π.Χ.) και στη συνέχεια της Εκκλησίας.
Ο Αριστοτέλης διατύπωσε τη φιλοσοφική άποψη ότι:
Κάθε πράγμα αποτελείται από ύλη και πνεύμα, που είναι μεταξύ τους αδιάσπαστα ενωμένα.
Η ύλη είναι παθητική και μόνη της παρέχει τη δυνατότητα, ενώ το πνεύμα ενεργητικό, και αποτελεί τη δύναμη που μεταβάλλει τη δυνατότητα σε πραγματικότητα (εντελέχεια). Ο κόσμος είναι ενιαίος, αιώνιος και σφαιρικός με κέντρο τη Γη.
Ο Αριστοτέλης πρόσθεσε στη θεωρία των τεσσάρων στοιχείων του Εμπεδοκλή ένα πέμπτο στοιχείο, τον αιθέρα, που είναι: αγέννητος, αγήραντος, άφθαρτος, αιώνιος και αναλλοίωτος.